A VirtualDub l'ac3 non piace.

Dovresti convertirlo in un altro formato supportato.

Fai dunque così:
- in VirtualDub scegli file/save wav
- rinomina il file creato da ac3 a wav. Se l'estensione non risulta visibile vai in Strumenti/Opzioni cartella/Visualizzazione e deseleziona la voce "Nascondi le estensioni per i tipi di file conosciuti"
- munisciti di un software capace di convertire l'ac3 in wav (io conosco HeadAc3 e BeSweet)
- converti il file
- Torna a VirtualDub, in video seleziona Direct stream copy, per l'audio segui questi passaggi: seleziona Full processing mode, clicca su wav audio e carica il file, clicca su Compression, seleziona il codec di compressione audio (se ce l'hai usa Lame mp3). Clicca su File/Save as AVI.

Ecco fatto! Puoi adesso procedere all'unione dei filmati.

Lunga la cosa vero? Purtroppo credo sia l'unico modo.

Devo darti a questo puno una brutta notizia: puà capitare che il programma di conversione da ac3 a wav riscontri degli errori nell'elaborazione di qualche frames. Risultato: l'audio non coinciderà più con il video.