Non è propriamente una bella soluzione, però può aggirare il problema:
ho installato sul mio pc un software di backup che si chiama COBIAN BACKUP, il quale oltre ad offrire le normali feature di copia in locale e in rete, ti permette di scegliere alcune operazioni da effettuare prima o dopo il task in questione.
In pratica tu crei un task fittizzio che si attiva poniamo 1 ora o mezz'ora dopo la pianificazione di explorer, e lo setti in modo che prima del task vero e proprio, il software rilevi eventuali finestre aperte con una stringa nel titolo (es. gli dici "Internet Explorer") e lui va a vedere se la finestra c'è e la chiude prima di effetture il backup, che per ipotesi potrebbe anche essere la copia di un file di testo piccino da una cartella ad un'altra.