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Lo si può fare, posto che le pagine richiamate con una versione di PHP abbiano estensione diversa da quelle richiamate con l'altra versione dell'interprete.

Semplicemente associ da Strumenti di amministrazione > IIS i due eseguibili diversi alle due estensioni diverse.

Il problema più che altro è relativo al php.ini ed a MySQL. Prova a "smanettarci" un po'. Lato IIS non dovrebbe sussistere alcun problema.