Se hai apache2 puoi mettere una direttiva nel file httpd.conf che indichi il path dove si trova il php.ini. Una volta acquisito il path ti carica anche l'estensione .dll, basta lasciarle in \php\*.dll

es con il php in C:\php
codice:
PHPIniDir "C:/php"
LoadModule php5_module "C:/php/php5apache2.dll"
in questo modo ti trova anche le librerie di mysql e di php, purche' ovviamente siano in C:\php ovviamente. Non ti serve mettere nulla in c:\windows.

Se vuoi cambiare la versione di php bastera' modificare le istruzioni con il nuovo path di php.