nema problema. Controlla piuttosto la configurazione del progetto di JBuilderX (che personalmente trovo uno strumento validissimo), magari oltre all'esecuzione via TomCat c'è configurata pure una "esecuzione locale" (ed infatti la root del progetto è la cartella predefinita dove JBuilder va a pescare e scrivere i file, se non viene specificato un percorso assoluto).

Buona giornata.