Vediamo un pò...
Così per caso, potrebbe essere che ai file che non vedi sia stato checkato l'opzione nascosto, sulle propietà del file, o dell'intera cartella, così che se sul menù strumenti - opzioni cartella nel tab "visualizza" hai inserito l'opzione di non visualizzare cartelle e file nascosti... I file ci sono, ma non li vedi ne li puoi utilizzare così facilmente. .

Sempre così a caso, se sei su un utente limitato, e sull'amministratore non hai dato la possibilità di accedere ad alcune cartelle ecco che non vi accedi più. (questa non è molto sicura, opterei per la prima soluzione).

Ciao