Per usare javascript si, devi chiudere i tag php oppure stampare il codice js direttamente da php.

Cmq c'è una funzione che interrompe l'esecuzione dello script per il tempo passato però non ricordo come si chiama. Magari se cerchi su php.net la trovi. Oppure cerca sul forum che c'è sicuramente perchè qui l'ho vista.