ciao

prova a verificare di non avere il logging di php abilitato, forse ti si è creato un error.log di apache enorme, cmq fai come ti hanno detto , usando

codice:
du -ksmc /*
ti farai un'idea delle directory che occupano piu spazio... ocio è un'operazione abbastanza lenta quella di du...ci metterà almeno un minutino...