il file .fla è il documento flash, è cioè il "sorgente" del file swf ed è editabile. Se Flash ti da il messaggio "Formato file inatteso" quando lo apri ci sono 2 cause: o il file è danneggiato (se lo hai scaricato, prova a riscaricarlo) oppure è stato creato con una versione di Flash più recente della tua.
Ciao!