Se il ritardo non è costante c'è poco da fare.

VirtualDub permette di correggere lo sfasamento audio/video ritardando o posticipando l'inizio dell'audio rispetto al video.

Se una volta fatto coincidere l'audio da una parte non torna dall'altra temo proprio che non ci sia rimedio.

Comunque la funzione la richiami da Audio/Interleaving. Il campo in cui inserire i valori è quello in Audio skew correction.

Se vuoi provare a rifare la conversione con un altro programma ti consiglio Auto Gordian Knot.