Immagino che ti serva in una pagina di aggiornamento.

Supponendo che tu abbia 5 checkbox di nome scelte[] e value rispettivamente pari a 1,2,3,4 e 5:
Codice PHP:
for ($i=1$i<=5$i++)
{
  if (
in_array($i,$scelte))
  echo 
"<input type=\"checkbox\" name=\"scelte[]\" value=\"$i\" checked>";
  else
  echo 
"<input type=\"checkbox\" name=\"scelte[]\" value=\"$i\">";  

dove $scelte ovviamente contiene i valori checkati.