Per quanto riguarda il punto 5 sapete che parametro passare nel configure per indicare quale sia il linker da utilizzare? mettendo --with-sysroot non basta per fargli capire dove si trova la basepath per trovare gli eseguibili?
no, perchè ./configure non modifica i sorgenti, crea solo i vari makefile

PATH=/tools/bin:/bin:/usr/bin, questo assicura che vengano utilizzati gli eseguibili del nuovo sistema non appena saranno installati

al primo bootstrap di gcc, esso si appoggia completamente all'host, così fanno anche le binutils e le *libc.

tramite uno spec file (che controlla il comportamento di gcc: quali programmi invocare, quali opzioni usare per quei programmi, etc..) viene detto a gcc di usare /tools/lib/ld-linux.so.2 come linker dinamico per i programmi che verranno compilati

d'ora in avanti verrà usato /tools/bin/ld come linker e verranno usate solo le librerie in /tools/lib

poichè nei sorgenti di gcc viene definito come linker di default (...) /lib/ld-linux.so.2, sarebbe necessario creare un nuovo spec file per dirgli di usare /tools/lib/ld-linux.so.2 per compilare i nuovi pacchetti...è tuttavia preferibile modificare i sorgenti stessi di gcc, tramite questa patch, che sostituisce /lib/ld-linux.so.2 con /tools/lib/ld-linux.so.2, per essere sicuri che come linker dinamico venga usato quest'ultimo
seguendo la mia vena anticonformista sto facendo il tutto con le ultime versioni dei suddetti pacchetti (chiaramente quelle stabili) e quindi trovo qualche differenza sintattica nei parametri di configurazione.
se è la prima volta che provi ad installare un sistema da zero, attieniti al libro (la versione stabile); se proprio non puoi fare a meno delle ultime versioni dei pacchetti usa la versione di sviluppo

in ogni caso evita di usare gcc-4.1.0 perchè non è stabile...o meglio, il compilatore lo è, ma i sorgenti di alcuni programmi che trovi in giro per la rete (un esempio su tutti: inkscape), secondo le varie ridefinizioni della sintassi applicate in questa versione di gcc, no