Non e' solo un problema di programmazione ma di organizzazione del database (e di normalizzazione).

In maniera semplicistica, devi avere piu' tabelle.

In una inserisci il record di "testata" con le informazioni generali della fattura e un ID univoco di riferimento.

In un'altra tabella inserisci le singole linee di dettaglio avendo cura di inserire l'ID della testata in ogni record delle linee di dettaglio.

In seguito, con delle query con JOIN, leggi quello che ti serve.