metti il controllo direttamente all'interno della funzione

codice:
<script> 
function chk() { 
o = document.MyForm.FILE1.value; 
if (o.indexOf("jpg") > -1 || o.indexOf("gif") > -1 || o.indexOf("JPG") > -1 || o.indexOf("jpeg") > -1) 
/*********************
QUI
*********************/
return ShowProgress(); 
else { 
alert("Il file che hai inserito non è di un formato valido"); 
return false; 
} 
} 
</script>
onsubmit="return chk()"