per linux basta che crei una libreria se non ricordo male .a, (devi passare i giusti parametri al gcc, non so quali però), fatto questo tieni dentro la cartella il file Mouse.dll e Mouse.a, quindi loadLibrary chiamerà "Mouse" e se stai su linux aggiunge solo .a, su windows .dll.

Ovviamente il codice C++ deve assere adatto a linux, quindi le api win32 non le puoi usre per dire.

Il file .h generato da javah contiene solo la firma dei metodi da usare, il corpo lo scrivi tu nel file .cpp o .c.