Si mi sembra,
il chmod mi ricordo che è un attributo, nn ricordo se è applicabile tramite script per una directory soltanto o anche per il file,la sintassi purtroppo non la ricordo, la mia bibbia non è qui l'ho prestata a un mio amico, lì c'era scritto, cmq se nn vuoi farlo da php, scaricati un programma ftp gratuito, ce ne sono tanti ^^.

Ciao

Alberto