Sembra che sia il contenitore padre di tutto che come ultima istruzione del blocco di JS che nasconde l'iframe setta la sua zIndex a "0". Se tolgo questa istruzione l'effetto strano sembra sparire...

Mi spiego meglio:
Questa è la struttura che ho nel mio oggetto finale

-DIV position:Relative
---TABLE position:Relative
-----TR
-------TD
-----------.....altra roba.....
-------TR
-------TD
----------DIV position:Relative
-------------IFRAME

Quando schiaccio il pulsante che nasconde l'IFRAME...in realtà riduce la sua altezza e larghezza a 0px, setta i bordi a 0px e poi setta lo zIndex del primo DIV a "0".... Togliendo questo settaggio dello zIndex l'effetto sparisce...ma a me serve che ci sia...