No, è quello il problema.
Questo è un'esempio di prova.
In realta le istanze hanno molte più righe e gli output sono matrici N*N.
Per ciascuna istanza viene chiamato un eseguibile differente.

In realtà è molto più complessa la faccenda, solo che una volta risolto il problema per questo esempio non penso sia molto diverso rislverlo per l'altro.