Basta che tu sostituisca l'ftp con un bel server cvs, o meglio ancora subversion. Preparati a un po' di studio perche' non e' una cosa semplicissima da configurare, e sopratuttto da amministrare (se non l'hai fatto prima).

Ovvio che devi avere una macchina su cui installare il server, non puoi semplicemente farlo "sopra" un server ftp.