Ma crei una sessione per variabile? O inserisci tre variabili in una sessione??

Per la tua domanda: usa lo handler JavaScript OnUnload();

Nella tua popup:

codice:
<body OnUnload="myfunct()">
Dove myfunct è una funzione JS che richiama una pagina PHP che distrugge la sessione (meglio via AJAX)....

Un giro un po' strano ma si fa.