Perché no? Basta ricordarsi di riconvertire con la funzione opposta quando devi leggere dal file su cui hai salvato la struct.

Prima ho sbagliato il casting, in realtà la htonl restituisce un uint32_t.
Inoltre penso che sarebbe meglio utilizzare questi tipi (uint16_t per lo short, uint32_t per int e long) anche nella struct, altrimenti potrebbero esserci problemi di incompatibilità su macchine a 64 bit.