Sono su win! Altrimenti non ti avrei risposto!
Lasciando da parte il fatto che a me cmq legge il file sul manuale, leggendo della funzione fread(), è scritto questo:

On systems which differentiate between binary and text files (i.e. Windows) the file must be opened with 'b' included in fopen() mode parameter.
Leggendo la spiegazione della funzione fopen si trova questo:

Codice PHP:
Windows offers a text-mode translation flag ('t') which will transparently translate \n to \r\n when working with the file. In contrast, you can also use 'b' to force binary mode, which will not translate your data. To use these flags, specify either 'b' or 't' as the last character of the mode parameter. 
Leggi e correggi:

fopen()
Ciao!