allora, grosso modo:

il tuo script avrà la seguente struttura:

una parte dedicata a ricevere il nome di file in ingresso ed a chiamare il tuo comando esterno, l'altra sarà dedicata al modulo che raccoglie il nome di file ed il bottone di conferma che eseguirà il programma esterno.
grosso modo:
codice:
<?
if(isset($_POST['submit'])) {
 # esegui il comando con $_POST['file_ingresso']
} else {
 # form con action sullo stesso script, metodo post
 # campo ingresso per indicare il nome del file
 # bottone submit per confermare il nome del file ed eseguire il calcolo
}
Spero di essere stato chiaro, se ti serve codice più dettagliato o altri chiarimenti facci sapere ;P