beh.. allora,
Andiamo per passi,una cosa è certa: la funzione di cui hai bisogno è qualla già citata... Quindi i casi sono due.. tu hai detto che hai già pronta la fasa per la scelta del file e quello che viene dopo.. Potresti preparare una pagina php che riceva il nome del file e con un bottone che lanci il programma sul server con la funzione sopracitata... Nel senso:
da qualche parte ricevi la stringa da passare come parametri a CMD, o solo il nome del file... In un form ci metti il bottoncino submit con azione sulla stessa pagina, o dove ne hai bisogno e lanci il programma sul server con la funzione passthru..