L'unica cosa che mi viene in mente è questa:

$numero = 123456;
$zerofill= 8;

function aggiungiZeri($num,$lunghezza)
{
while (strlen($num)<$lunghezza)
$num = "0".$num;
return $num;
}

$codice = aggiungiZeri($numero,$zerofill);

ma immagino che avessi già considerato una funzioncina del genere.
Altre alternative non mi vengono in mente.

P.S. Tra l'altro non so come venga importato da excel ma essendo $codice di tipo stringa suppongo inserisca anche gli zeri.