Ciao Mich,
ti ringrazio molto per la risposta, ho provato ad applicare la soluzione da te suggerita ma ottengo 2 inconvenienti:
1. non funziona l'autochiusura del body onload (ok quella del link chiudi)
2. la struttura della pagina (table di 3 colonne, le cui caratteristiche interne vengono gestite da un css esterno) mi viene fuori completamente stravolta, è sparita la testata, il menu da sx è passato in alto, la colonna centrale sotto, e ancora sotto la colonna dx... 
(togliendo l'onload dal body la struttura torna alla normalità...)
Sinceramente non capisco... per completezza, riporto di seguito il codice aggiornato, chissà che nel copia+incolla non abbia combinato qualche guaio... 
codice:
<style type="text/css">
#sponsor { position: Absolute; top: 230px; left: 250px; width: 250px; height: 250px; }
#sbord { border: Solid 1px #000000; }
div.chiudi { width: 342px; text-align: Right; font-family: Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif; font-size: 10px; color: #FFFFFF; font-weight: Bold; text-decoration: None;}
a.sponsor, a.sponsor:hover { color: #FFFFFF; font-weight: Bold; text-decoration: None; }
</style>
<div id="sponsor">
<div class="chiudi">CHIUDI POP-UP</div>
<div id="sbord"><iframe src=popup.asp scrolling=no width=342 height=350 frameborder="0"></iframe></div>
</div>
</HEAD>
<body topmargin="0" leftmargin="0" rightmargin="0" marginwidth="0" marginheight="0" onload="setTimeout('document.getElementById(\"sponsor\").style.display=\"none\" ', 3000);">
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