Ed infatti l'ho messo nella root, poichè è l'unico modo che mi è venuto in mente per far puntare http://samyweb.damage-inc.it alla sottocartella /samyweb, senza che si veda che essa è una sottocartella.
L'altro htaccess invece è dentro la sottocartella /home, in cui è installato Mambo.
In pratica alla fine si dovrebbe avere una condizione del tipo :
http://damage-inc.it vede normalmente l'index.php nella root che fa un redirect html verso la cartella /home
http://samyweb.damaege-inc.it vede l'index.php he sta dentro la sottocartella /samyweb
Non capisco come mai prima funzionasse, e adesso non va più..