Sinceramente non so se con php si puo' eseguire un refresh continuo con un azione di un'altra pagina. Piuttosto con ajax o simile che lavorano su aggiornamenti di DIV senza ricaricare la pagina. L'unica cosa che mi vien da pensare, sarebbe mettere in testa alla pagina madre un refresh determinando un valore di tempo molto breve. Se il pouuo si chiude probabilmente hai impostato qualcosa che lo fa chiudere. Un popup puo' tranquillamente fuzionare come una pagina aperta da link avente target _blank ma con le dimensioni volute(da popup).