Ah, forse ho trovato, ma forse dà altri problemi...
Usando:

set_include_path(dirname(__FILE__));

posso anche usare gli include relativi e li punta automaticamente alla dir giusta.

Mi chiedo se c'è una controindicazione: tutti gli include che sono in Index, dopo Main, rimarranno vincolati, quindi dovrei richiamare la funzione set_include_path settando la root del server, in fondo a Main.php.

Ma set_include_path è sempre accessibile?