Fai i controlli in una funzione che si chiamerà per esempio checkForm(). Allora metti nel tag input che ti identifica la checkbox onClick="checkForm()". Poi ricordati di specificare l'id.

Nella funzione checkForm() recupera il reference all'oggetto checkbox tramite il suo id ( getElementById("idcheckbox") ) e con quel reference puoi impostare che sia spuntata o no tramite la proprietà checked (booleana).

<input type="checkbox" id="idcheckbox" >

[...]

id=document.getElementById("idcheckbox")
id.checked=true;

Queste due righe le metti nella funziona quando i dati superano tutti i controlli ovviamente.