Quelòlo che stai tentando di fare si chiama "normalizzazione". Se cerchi su google troverai molti molti documenti a riguardo.

Per ciò che riguarda il tuo problema unqa delle prime regole della normalizzazione è l'analisi.

L'analisi si fa in questo modo (o almeno questo è il modo che uso io): si tratta "semplicemente" di decidere che caratteristiche deve avere lo script.

Nel tuo caso

- Gestione marche
- Gestione categorie
- Gestione prodotti
- Numero arbitrario di immagini per ogni prodotto
- Numero arbitrario di categorie di appartenenza di un prodotto

A questo punto è necessario un chiarimento da parte tua. Parli di relazionare le marche alle categorie ma io credo sia più corretto relazionarle alle marche. Cmq spiegami un po' meglio che intendi.

Da quello che ho capito, cmq basta fare il ragionamento inverso: non memorizzi la categoria nella tabella delle marche ma la marca nella tabella delle categorie.

io rimango dell'opinione, comunque, che categorie, immagini e marche siano attributi del prodotto proprio come un nome, un codice prodotto o un prezzo.

Una volta fatta l'analisi si passa alla definizione delle tabelle necessarie e dei relativi campi.
Codice PHP:
// MARCHE
id - int autoincrement primarykey
name - varchar(255)

// CATEGORIE
id - int autoincrement primarykey
name - varchar(255)
// Altri campi per la gestione dell'albero
// (dipendono dal metodo che intendi usare)

// PRODOTTI
id - int autoincrement primarykey
name - varchar(255)
code - varchar(255)
marca - int // Qui viene inserito l'id della
            // marca preso dalla tabella "marche"

// Come vedi non ho inserito i campi che fanno riferimento
// alle immagini o alle categorie: per questi creeremo delle
// tabelle apposite

// MAP_CATEGORIES
id - int autoincrement primarykey
product - int // Id di rifermento del prodotto
category - int // Id di riferimento della categoria

// MAP_IMAGES
id - int autoincrement primarykey
product - int // id di riferimento del prodotto
image_name - varchar(255) 
Ecco, questa potrebbe essere una base di partenza. Ovviamente andrà personalizzata in base alle tue esigenze specifiche.