A me sembra un problema che ti porti sulla seconda scena layer con oggetti che non ti servono.
Mi sembra l'unica cosa.

Prova a guardare meglio tutti i livelli e quelli che non ti servono o li elimini o li svuoti con un keyframe Vuoto.

Se non dovessi ancora farcela prova creando una nuova scena con un solo livello mettici qualcosa di esempio e lo skip puntalo a questa scena, se hai il problema manda il file che gli do un occhiata.

Bye bye.