Ciao, il problema dei permessi e' tutt'altro che banale. In generale i file .php devono poter essere letti dal webserver, mentre le directory devono essere lette ed eseguite.

Questo vale per tutto tranne che per data, i cui file devono poter essere letti e scritti dal webserver e le directory lette e scritte ed eseguite.

Ora. Ecco i comandi

Sola lettura
chmod 400 <file>

lettura esecuzione
chmod 500 <directory>

lettura, scrittura
chmod 600 <file>

lettura, scrittura, esecuzione
chmod 700 <directory>

Ora pero' questo non va bene, perche' in questo modo ogni modifica ai file necessita di cambiare i permessi. Per questo la soluzione piu' sicura e' attribuire i file all'utente root (o altro) e come gruppo a quello del webserver, dando a ognuno permessi differenti.

Quindi ammettendo che awiki sta in /var/www/awiki, direi

chowm -R root.apache /var/www/apache

e poi

Sola lettura
chmod 640 <file>

lettura esecuzione
chmod 750 <directory>

lettura, scrittura
chmod 660 <file>

lettura, scrittura, esecuzione
chmod 770 <directory>

In questo modo come root o altro utente potrai sempre intervenire sui tuoi file, mentre apache avra' dei permessi limitati.