Puoi provare questa strada:
start - esegui - e digiti "installer" senza virgolette
metti la cartella in visualizzazione "dettagli"
poi vai sul menu in alto: visualizza - scelta dettagli e metti il check su "commenti"
Aspetti un po' che si rinfreschi la pagina ed appaiano le scritte di commento sui pacchetti di windows installer che ci sono nella directory (hanno un formato del tipo "29cfd", "3ec3c", etc)
Scegli quello che ha il commento "visual studio .net professional 2003" (io per esempio ho questo ed il pacchetto è 115fd31)
Lo lanci e segui la procedura di disinstallazione....
Speriamo vada bene...