Potrebbe essere il baco dei tre pixel: trovi le soluzioni con una ricerca nel forum XHTML+HTML (dove sono i vecchi post di CSS).

Altrimenti siti come constile e sim (riferimenti tra i "link utili") hanno raccolto numerose patch per IE.


PS: Ma non potresti passare a XHTML Strict? IE6 e` molto meno bacato se il DOCTYPE e` XHTML Strict (senza prologo XML)!