Ciao,
io ho programmato una cosa simile di cui tu parli.
L'azienda aveva il negozio , il negozio on-line e il proprio magazzino.
La scelta fu di sviluppare un applicativo on-line che si appoggiava sullo stesso db.
Chi era nel negozio e nel magazzino si collegava allo stesso pannello di amministrazione del negozio on-line e inseriva o gli ordini, o la nuova merce, o aggiornava le disponibilità in magazzino ed il tutto era agevolato dall' uso di un lettore di bar-code che velocizzava le operazioni.
Cioè ad esempio in negozio per inserire l'ordine bastava premere su Nuovo ordine, sparaflshiare il lettore e poi faceva tutto il sistema , lo stesso per i magazzinieri che dovevano inserire un nuovo oggetto...
Sicuramente non puoi appoggiarti ad osCommerce, è qualcosa che bisogna fare ex-novo