E' successa la stessa cosa per un sito a me e mi è stato detto che i motivi potevano essere 2:
- mancanza di contenuti nella home
- BL verso le pagine interne del sito

Nel mio caso però non si trattava ne dell'una, ne dell'altra opzione e stò attendendo il prossimo aggiornamento del PR per vedere come andranno le cose.
Premetto che sul mio sito ci sono tutti link puri in html tra le varie pagine, ogni pagine dispone di un menù in html che punta a tutte le pagine home compresa. Ogni pagina linka la mappa del sito. Ogni pagina ha un link in alto alla home page. In base a questi dati il PR del mio sito dovrebbe essere distribuito in maggior quantità alla home... Pensa che i BL puntano solo a quella.