Se hai un provider ADO.NET per MySQL oppure un driver ADO OLE DB, non vedo né grossi problemi né limitazioni all'uso di questo database server.

Certo, probabilmente la maggior parte dei tool automatizzati e dei servizi di Visual Studio volti al supporto database sono orientati all'integrazione con SQL Server.

Eventualmente, vedi tu se questo aspetto è determinante nella scelta del DB.

Ciao!