no... viene fuori un'unica tupla... d ogni modo in php non puoi usare la notazione nometabella.nomecampo

In caso di omonimia.. per esempio se avesi avuto nome al posto di nomefile...
avresti dovuto fare così

SELECT *.f, Nome.s as Nomesezione FROM files as f JOIN sezioni as f ON f.seid = s.id

a quel punto ti saresti ritrovato nome e nomesezione...


Nel tuo caso devi fare così:

<?php
$result = mysql_query("SELECT *.f, Nome.s FROM files as f JOIN sezioni as f ON f.seid = s.id ",$db);
while ($row = mysql_fetch_array($result)) {
echo "{$row['nomefile']} e {$row['nome']}";
}
?>

nel dubbio fai sempre un pront_r($row);

e ti mostra il contenuto di $row