Oppure fai così:

- colleghi solo uno dei due dischi e ci installi il primo sistema operativo
- una volta finita l'installazione scolleghi il disco
- colleghi l'altro disco e installi il secondo sistema operativo
- una volta finita l'installazione colleghi entrami i dischi
- attraverso il bios decidi con quale device partire

È un po' più macchinoso ma in caso di reinstallazioni, rimozioni di S/O o altri problemi non hai problemi con boot sector, multi boot, eccetera...