Ok, trovato. bisogna aggiungere tutte le risorse nel file jnlp :

<resources>
<j2se version="1.4+"/>
<jar href="/Application1-myapplet-context-root/apps/MyApplet.jar" main="true" download="eager"/>
<resources>
<j2se version="1.4+"/>
<jar href="/Application1-myapplet-context-root/apps/MyApplet2.jar" main="true" download="eager"/>
</resources>
......
</resources>

L'incoveniente è che se una è certificata lo devono essere anche le altre.