Se vuoi fare una cosa semplice e sei disposto a spendere dei soldi puoi criptare il codice con l'estensione della zend (non ho idea di quanto costi però il software per farlo).
un'altra soluzione potrebbe essere mettere parte del codice su un tuo server, in modo da permettere l'accesso solo ai domini a cui hai dato la licenza d'uso, non è una soluzione definitiva, ma limita sicuramente...
ciao