Sai perchè è stato deprecato il target? Io non ho certezze, ma credo fermamente che sia un fatto legato al discorso dell'accessibilità ai contenuti.
Una delle sue regole di base dice che bisogna evitare (tranne per ridottissimi casi) la generazione di nuove finestre browser. Capirai come si tratti di una questione di fondo, inscindibilmente legata all'attributo stesso.
Allo stesso modo, anche se utilizziamo target nell'ambito dei frame, incapperemo nelle stesse questioni: i frame sono sconsigliati dalle linee guida per l'accessibilità.
Quindi, se vuoi usare questo attributo devi cambiare DTD (rifacendoti a XHTML 1.0 Transitional, ad esempio). Il problema è 'aggirabile' tramite javascript - come suggerivi - però qui dobbiam risolvere e non circumnavigare.
Ti serve davvero la generazione di nuove finestre browser?