Nomina le checkbox in modo progressivo e mantieniti da qualche parte accessibile a javascritp (campo nascosto, variabile, ecc) il loro totale.

con un ciclo del genere le scorri tutte:

for (i=0;i<TOTALE;i++){


var chek=document.getElementById("checkbox_" + i);

if (! chek.checked){
chek.checked=true;
}


}