Nn so bene cosa tu stia cercando di fare...
Ma anke io avevo l'esigenza di fare il controllo se il file esiste...
Mentre cercavo di rispondere ai vari post ho incotrato il tuo...
Io ho risolto così!
Ti pasto tt la classe:

public class Salva {
String url;
void salvaProg(){

try
{
JFileChooser fc= new JFileChooser();
fc.resetChoosableFileFilters();
int sel;
sel=JOptionPane.YES_OPTION;

fc.setDialogTitle("Salva il file...");
//fc.setFileFilter(isf);
fc.showOpenDialog(null);
File file = fc.getSelectedFile();
if(file.exists ()){
sel = JOptionPane.showConfirmDialog(fc,
"Sostituire il file ?","Conferma sostituzione", JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
JOptionPane.WARNING_MESSAGE );
}
if(sel ==JOptionPane.YES_OPTION){
url=fc.getSelectedFile().getAbsolutePath();
System.out.println("url"+url);
try{
BufferedReader br = new BufferedReader(new InputStreamReader( new FileInputStream("scritto.xml") ) );
Vector v = new Vector(); // Conterrà tutte le righe del file
String linea = "";

// Leggo tutto il file e lo memorizzo nel Vector
while((linea = br.readLine()) != null) {
v.add( linea );
}
br.close();

// Ora riscrivo tutto, tranne l'ultima riga
PrintStream ps = new PrintStream( new FileOutputStream(url) );
for(int i=0; i<v.size(); i++) { // Il -1 indica di tralasciare l'ultima riga
ps.println((String) v.elementAt(i));
}
ps.close();
}
catch(Exception e){
System.out.println(e);
}
}

if(sel ==JOptionPane.NO_OPTION){
salvaProg();
}
}
catch(Exception e)
{
System.out.println(e);
}
}

}

semplicemente ho rikiamato il metodo dentro se stesso:
if(sel ==JOptionPane.NO_OPTION){
salvaProg();
}
spero ke sia qsto il tuo problema anke se dubito xkè gestisci professionalmente i component