Ci sto studiando solo da ieri sulle GD, ma in mancanza di altri suggerimenti ti do il mio:

codice:
//carichi la gif
$img = imagecreatefromgif("immagine.gif");

//restituisci una jpeg
header('Content-type: image/jpg');
imagejpeg($img, "", 100);

//liberi la memoria
imagedestroy($img);