allora, se non mi sbaglio, skype usa le vecchie librerie oss per gestire l'audio.. cosa succede:
skype cerca di utilizzare /dev/dsp , che puo risultare occupata da qualche altra applicazione audio.. procedi cosi:
da root dai il comando lsof /dev/dsp, se non ti viene restituito niente allora /dev/dsp e' libera quindi puoi aprire skype e utilizzarlo correttamente (attenzione, almeno per me, da quel momento in poi che skype occupa il device, nessun'altra periferica puo usare l'audio) ..
nel caso tu avessi un output, lsof ti dira chi sta occupando quel device, a quel punto darai, sempre da root pkill $output e potrai usare skype.

Io uso fluxbox e non ho di default nessun demone audio che gestisce gli input, nel caso tu avessi o gnome (usa esd mi pare) o kde (usa arts) penso, ma non ci ho mai provato, a riuscire a fare gestire da questi demoni skype, in questo modo tu non dovresti mai "killare" la risorse che occupa il dsp, ci sono informazioni a riguardo sul forum skype, mi pare ci sia anche un howto.. io a memoria ti posso dire che skype lo puoi provare a lanciarlo con:
1) esd skype (se usi gnome)
2) arts -m skype (se usi kde)
con questo mandi skype ai demoni che si arrangiano loro a gestirne l'audio..

spero almeno qualcosa ti sia d'aiuto, e ti chiedo scusa per gli eventuali errori che ho commesso (sia ti italiano che ti concetto).

Ciao!