Devi semplicemente fare due CSS: uno con media="screen" l'altro con media="print" (vedi il tag <link> per i dettagli).

I due CSS saranno diversi nella formattazione della tabella.
La tabella a schermo avra` un'altezza in qualche modo limitata (con l'overflow);
la tabella da stampare non sara` limitata in altezza, e l'unico oggetto con l'overflow:auto sara` il <body> (che ha tale proprieta` gia` di default).