Non ti so dire se l'htaccess che hai creato sia corretto. Cmq c'è una discussione dove se ne parla. prova a cercare "htaccess" qui sul forum.

Per ciò che riguarda la connessione ssh non so che dirti: non ne so niente.

Io con filezilla riesco a vederlo l'htaccess. Può darsi che cuteftp vada configurato o che cmq non lo veda ma ciò non vuol dire che il file non ci sia sul server.

Cmq sarebbe meglio se facessi una ricerca sul forum: troverai molte discussioni a riguardo. Ciao!