1) certo che c'è, se devi scriverci solo testo ti consiglio la classe BufferedWriter altrimenti puoi scrivere byte, oggetti interi o qualunque altra cosa, con classi simili dedicate.

2) si, esiste un intero package di classi dedicati alla sicurezza e alla crittografia.

Per entrambi trovi tantissima documentazione, se hai problemi chiedi pure qui.